Vidaus vandenų transportas - seniausia transporto rūšis Lietuvoje. Jau senovėje Nemunu, Nerimi, Šventąja, Minija plaukiojo pirklių valtys, buvo plukdomi sieliai.
Laivybos sąlygos tarp Nemuno žemupio ir Karaliaučiaus pagerėjo, kai 1613-1616 buvo kanalizuota Gilija (šis kanalas sujungė Nemuną su Priegliumi). 1689 Mažuoju, 1697 - Didžiuoju Frydricho kanalais per Giliją Nemunas sujungtas su Deimena. Didelę reikšmę turėjo 1765-1783 iškastas 54 kilometrų ilgio Oginskio kanalas, sujungęs (per Nemuno, Ščiaros, Jaseldos, Pripetės, Dniepro upes) Baltijos ir Juodąją jūras. 1824-1839 Augustavo kanalu Nemunas sujungtas su Vysla. Susidarė Nemuno vandens kelių sistema, jungianti Priegliaus, Vyslos ir Dniepro baseinus.
19 a. viduryje Nemunu pradėjo plaukioti garlaiviai. 1863-1873 įrengtu 24 kilometrų ilgio Karaliaus Vilhelmo kanalu (dabar Klaipėdos kanalas) laivai ir sieliai plaukė iš Nemuno Minijos žemupiu į Klaipėdą, apeidami audringas Kuršių marias.
SSRS okupacijos laikotarpiu 1959 pastačius ties Kaunu akliną Kauno hidroelektrinės užtvanką, laivyba Nemuno aukštupyje prarado ankstesnę svarbą. Pagrindiniais vidaus vandens keliais tapo Nemunas nuo Kauno iki Kuršių marių, Neries, Nevėžio, Minijos upių ruožai, Kuršių, o nuo 1960 ir Kauno marios. Daugumą vidaus vandenų transporto krovinių sudarė iš Jurbarko žvyro karjero baržomis vežamas žvyras statyboms Nemuno ir Kuršių marių pakrantėse, kitos nerūdinės statybinės medžiagos.
1962 keleivius Nemunu ir Kuršių mariomis pradėjo reguliariai vežioti Raketos tipo laivai.
Atkūrus Lietuvos nepriklausomybę didesnę reikšmę turi keleivinis vidaus vandenų transportas, krovininis išplėtotas menkai. Vidaus vandenų transporto veiklą reglamentuoja Vidaus vandenų transporto kodeksas (1996).
2018 šalyje buvo 885,3 km vidaus vandens kelių, iš jų 822 km - valstybinės reikšmės (Nemunu, Kuršių ir Kauno mariomis, Nerimi, Nevėžiu, Minija, Dreverna, Mituvos ir Klaipėdos kanalais), 63,3 km - vietiniai (Kuršių mariomis, Skirvytės, Danės, Šyšos upėmis, Galvės ežeru). Laivybai naudojama tik dalis šių kelių. Pagrindiniai vidaus vandenų keliai yra Nemunas nuo Kauno krovininės prieplaukos iki Atmatos žiočių (214,3 km) ir Kuršių mariomis (65,3 km), čia navigacija trunka iki 199 parų per metus (nuo balandžio 16 iki spalio 31 dienos).
| Tipas | Ilgis (km) | Pagrindinės vandens telkiniai |
|---|---|---|
| Valstybinės reikšmės | 822 | Nemunas, Kuršių marios, Kauno marios, Neris, Nevėžis, Minija, Dreverna, Mituva, Klaipėdos kanalas |
| Vietiniai | 63,3 | Kuršių marios, Skirvytė, Danė, Šyša, Galvės ežeras |
Valstybinės reikšmės vidaus vandenų keliai ir jų infrastruktūra priklauso valstybei (juos navigacijos laikotarpiu tvarko ir prižiūri Vidaus vandens kelių direkcija), vietinės reikšmės - savivaldybėms. Paženklintas farvateris ir garantiniai matmenys palaikomi (farvateris valomas nuo susikaupusių nešmenų, laivybos sąlygoms gerinti upės vaga reguliuojama gruntinėmis bunomis) 400 km ruože. Šviečiančiais navigacijos ženklais paženklinti vandens kelio ruožai Nemune nuo Kauno iki Kulautuvos (20,5 km) ir nuo Smalininkų iki Atmatos žiočių (113 km), Kuršių mariose nuo Atmatos žiočių iki Klaipėdos (65,3 km), t. p. Kauno mariose nuo Kauno hidroelektrinės iki Kruonio hidroakumuliacinės elektrinės (24 km), 0,5 km ruože nuo Neries žiočių iki Kauno pilies, 4 km ruože nuo Nidos uosto iki valstybės sienos su Rusija.
Veikia 5 vidaus vandenų uostai: Kauno žiemos uostas, Uostadvario uostas, Nidos keleivinis uostas, Pilies ir Smiltynės jachtų uostai Klaipėdoje.
Didžiąją dalį vidaus vandenų transportu vežamų keleivių sudaro bendrovei Smiltynės perkėla priklausančiais šešiais keltais iš Klaipėdos į Smiltynę ir atgal dviem perkėlomis - Senąja (pradėjo veikti 1945) ir Naująja (atidaryta 1986) visus metus keliami Kuršių neriją lankantys poilsiautojai, Klaipėdos ir Neringos gyventojai (ir su lengvaisiais automobiliais, dviračiais, motociklais). 2017 per Kuršių marias keltais perkelta daugiau kaip 1,9 mln. keleivių, 681 980 automobilių, 245 137 dviračiai ir motociklai.